1、熱水循環式殺菌：殺菌時鍋內食品全部被熱水浸泡，這種方式熱分布比較均勻。
2、蒸汽式殺菌：食品裝到鍋里后不是先加水，而是直接進蒸汽升溫，由于在殺菌過程中鍋內存在空氣會出現冷點，所以這種方式熱分布不是均勻的。
3、淋水式殺菌：這種方式是采用噴嘴或噴淋管將熱水噴到食品上，殺菌過程是通過裝設在殺菌鍋內兩側或頂部的噴嘴中，噴射出霧狀的波浪型熱水至食品表面，所以不但溫度均勻無死角，而且升溫和冷卻速度迅速，能、快速、穩定的對鍋內產品進行殺菌，特別適合軟包裝食品的殺菌。

1、主要從控溫精度和熱分布均勻性上進行選擇，若產品要求溫度很嚴格，尤其是出口產品，因為要求熱分布很均勻，所以應盡量選擇電腦全自動殺菌鍋。電腦半自動殺菌鍋溫度控制、壓力控制與電腦全自動相同，但是價格卻是電腦全自動的1/3。一般要求可以選擇電氣半自動殺菌鍋。手動殺菌鍋殺菌難度高，控溫和控壓等都由人工完成，食品外觀很難掌握，漲罐（袋）和破碎率高。

2、若產品是含氣包裝或者產品外觀比較要求比較嚴格，則應選擇電腦全自動或電腦半自動殺菌鍋。

3、若產品是玻璃瓶或馬口鐵，因為升溫和降溫速度都要求可以控制，所以盡量不應選擇雙層殺菌鍋。