（1）排放區域廣。無組織排放廣泛存在于散料生產、加工、運輸、裝卸等各個環節，不僅是礦山，在建筑、采石場、堆場、港口、火電廠、鋼鐵廠、水泥廠、垃圾回收處理等場所都可能發生。排放源直排大氣中，排放區域廣難以有效控制和治理。

（2）排放成分復雜。不同行業產生的粉塵成分千差萬別，又受人為因素、自然條件、工況等擾動，存在很大的不確定性、不規則性。由于排放方式存在根本性不同，所以治理措施要求比較復雜，目前仍存在著技術、標準的障礙，單一的治理措施不能解決無組織粉塵排放的問題。

（3）排放量大。工業活動中散料生產、加工、運輸、裝卸等環節都會產生大量粒徑不均的無組織粉塵排放。

除了以上幾個主要難點外，治理無組織粉塵排放還存在著治理技術缺乏、重視程度不夠等障礙。