1、忌將肉類加熱至半熟后再用微波爐加熱因為在半熟的食品中細菌仍會生長，第二次再用微波爐加熱時，由于時間短，不可能將細菌全殺死。冰凍肉類食品須先在微波爐中解凍，然后再加熱為熟食。
2、忌再冷凍經微波爐解凍過的肉類因為肉類在微波爐中解凍后，實際上已將外面一層低溫加熱了，在此溫度下細菌是可以繁殖的，雖再冷凍可使其繁殖停止，卻不能將活菌殺死。已用微波爐解凍的肉類，如果再放入冰箱冷凍，必須加熱至全熟。
3、忌油炸食品因高溫油會發生飛濺導致火災。如萬一不慎引起爐內起火時，切忌開門，而應先關閉電源，待火熄滅后再開門降溫。
4、忌超時加熱。食品放入微波爐解凍或加熱，若忘記取出，如果時間超過2小時，則應丟掉不要，以免引起食物中毒。
5、忌用普通塑料容器使用專門的微波爐器皿盛裝食物放入微波爐中加熱，一是熱的食物會使塑料容器變形，二是普通塑料會放出有毒物質，污染食物，危害人體健康。
6、忌用金屬器皿因為放入爐內的鐵、鋁、不銹鋼、搪瓷等器皿，微波爐在加熱時會與之產生電火花并反射微波，既損傷爐體又加熱不熟食物。
7、忌使用封閉容器加熱液體時應使用廣口容器，因為在封閉容器內食物加熱產生的熱量不容易散發，使容器內壓力過高，易引起事故。即使在煎煮帶殼食物時，也要事先用針或筷子將殼刺破，以免加熱后引起爆裂、飛濺弄臟爐壁，或者濺出傷人。
8、忌將微波爐置于臥室，同時應注意不要用物品覆蓋微波爐上的散熱窗柵。
9、忌長時間靠近微波爐。開啟微波爐后，人應遠離微波爐或人距離微波爐至少在1米之外。